NGS 次世代基因定序之高通量分析檢測

作為首批能提供NGS (Next Generation Sequence) 次世基因定序的服務商之一，Eurofins Genomics藉著卓越的專業知識，服務涵蓋當今廣泛的應用，從而塑造了NGS檢測的未來。

歐陸基因事業體在樣本製備(sample preparation)、樣本庫製備(library preparation)、樣本庫擴增和數據分析方面的技術能力可滿足客戶個人化的需求，助於拓展基因體研究的廣度與深度，並且加速了精準醫療的實現。

Eurofins Genomics成為歐洲第一家使用Roche / 454 GS20提供NGS服務的公司。 Eurofins不斷納入各種先進之NGS測序技術。

• Illumina HiSeq 2500 / MiSeq用於超深度測序(ultra-deep sequencing)，可輸出巨大的數據量
• PacBio RSII用於從頭測序de novo sequencing
• Roche GS FLX ++和GS Junior可提供出色的擴增子數據和類似Sanger的讀數
• Life Technologies' Ion Proton適用於小型項目，turnaround時間短，尤其於測序外顯子時。

NGS於食品與環境之應用:

1. Non-target 非指定之細菌菌群篩選 (微生物社群分析)

該測試可用於各種食品和飼料的樣品（例如: 發酵產品、成熟分析、變質分析、病原體分析），也可用於環境樣品，例如: 土壤、水和糞便以及混合菌落mixed colonies。 

該方法之檢測步驟

從樣品中分離出總DNA，藉由PCR擴增細菌16S rDNA區域的片段。 經過多次質量控制後，使用Illumina MiSeq平台對PCR產物進行測序。 經過生物資訊數據評估（包括拷貝數校正）後，將樣本序列與公共數據庫NCBI（國家生物技術資資訊中心）的核苷酸序列比對，識別樣品中的細菌。

與經典測序方法之區別

針對鑑定純細菌菌落，可使用Sanger測序之技術。 此技術較適用於檢測來自單一種微生物之DNA。 一旦樣本中存在潛在的多種混合微生物，多元及NGS高通量之檢測技術則為推薦檢驗方法之首選。

樣品分析結果將呈現如下:

不能檢測到哪些物種（=偽陰性）？

在公共數據庫中沒有序列建檔的物種將不會被檢測出來，故有可能導致偽陰性結果。若您已知樣品中可能含有稀有或非尋常之細菌菌種，請先與實驗室聯繫，我們可提前檢查該細菌種類的數據庫狀態。

此檢測有涵蓋在ISO 17025認證範圍

2. 食品微生物汙染等來源追溯

有助於避免更嚴重的汙染，在產品召回前，調整食品加工和衛生策略

基因體資料能協助客戶回答以下的問題:

• 污染是否從同一來源，還是有多個來源之可能性？
• 單一事件污染是否已引發群突發(outbreak)？
• 污染能否追溯到某個供應商/來源嗎？

3. 真實性檢測

如需更多資訊或有任何疑問，歡迎與我們聯繫！